Matsumoto, M., Yagasaki, T. & Tanaka, H. Novel Algorithm to Generate Hydrogen-Disordered Ice Structures. J. Chem. Inf. Model. 61, 2542–2546 (2021).

氷の中では、個々の水分子の向きは一定のルール(アイスルール)のもとでランダムになっており、正確なシミュレーションのためには、厳格にアイスルールを満足し、均質にランダムな氷の構造を準備する必要があります。私たちは、グラフ理論にヒントを得て、これまでに考案されてきた方法をはるかに凌ぐ、事実上最高速のアルゴリズムを見付けました。このアルゴリズムを用いないと、100万分子規模の氷の構造を準備するのは不可能です。このアルゴリズムは、最新版の GenIce ツールに搭載されています。

In ice, the orientation of individual water molecules is randomized under certain rules (called ice rules). For accurate simulations, it is necessary to prepare a homogeneously random ice structure that strictly satisfies the ice rules. Inspired by graph theory, we have found a virtually fastest algorithm that far surpasses the methods devised so far. Without this algorithm, it would be impossible to prepare ice structures on the scale of a million molecules. This algorithm is included in the latest version of the GenIce tool.

research papers paper2021 GenIce

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